クジラが直面している問題は商業捕鯨だけではない。鯨類保護団体は、漁船との衝突、漁網に絡まる危険、汚染や生息域の環境破壊なども考慮に入れるべきとしている。気候変動の影響も無視できない。温暖化による海洋の酸性化は、クジラの主食であるオキアミを激減させる。甲殻類が酸性化を食い止めてくれるとしても、養魚場の増加によりオキアミはトン単位で消費されている。
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